Первые све́дения о появлении необычных заболеваний в Константинополе относятся к 531 году, а началом пандемии чумы называют 541 год или весну 542 года. Учёные-исследователи отмечают ряд природных катаклизмов и аномалий, предшествовавших чуме.

«Юстинианову чуму» предваряли пандемии проказы и натуральной оспы. Произошёл ряд землетрясений: извержение Везувия в 512 году, антиохийское землетрясение в мае 526 года (погибли 250.000 человек), землетрясения 533—547 годов и т. д. Появилась комета Галлея. Стоит отметить похолодание 535—536 годов — самое резкое понижение средневековой температуры в Северном полушарии за последние 2000 лет. Считается, что это событие вызвано обширной атмосферной пылевой завесой, возникшей в результате крупного извержения вулкана (насчёт точного места среди учёных нет согласия до сих пор) или падения метеорита. В 2015 году было установлено, что похолодание 536 года было пиком позднеантичного малого ледникового периода. Похолодание привело к резкому снижению урожая и повсеместному голоду, что стало причиной значительных миграций населения и войн. Связь между резким похолоданием и мутацией чумного возбудителя, привёдшей к пандемии бубонной чумы, не доказана, однако, для современников событий неожиданное похолодание, чума, разрушительные землетрясения на востоке Средиземноморья и войны Юстиниана составили одну сплошную вереницу бедствий.

В ΙV книге «Истории войн» Прокопий Кесарийский так описывал эти события:

«И в этом году произошло величайшее чудо: весь год Солнце испускало свет как Луна, без лучей, как будто оно теряло свою силу, перестав, как прежде, чисто и ярко сиять. С того времени, как это началось, не прекращались среди людей ни война, ни моровая язва, ни какое-либо иное бедствие, несущее смерть. Тогда шёл десятый год правления Юстиниана».

«Ещё один народ, пришедший в движение в ту пору – арабы. Похолодание вызвало увеличение осадков на Аравийском полуострове, из-за чего у местных племён стало больше скота – коней и верблюдов — что, в свою очередь, облегчило военные набеги на соседние страны. Пророк Мухаммед родился в 570 году, а при его наследнике — халифе Умаре ибн аль-Хаттабе — обращённые в ислам арабы вторглись в земли Византии и державы Сасанидов, завоевав области древнейшей культуры — Месопотамию, Иран, Палестину, Сирию и Египет. Между тем, историки не склонны объяснять все социально-политические процессы того времени только климатическими изменениями и полагают, что в каждом случае имел место целый комплекс факторов».

В этот исторический период произошло рождение и укрепление Ислама, по этой причине можно говорить об эпидемии, изменившей ход истории.